← Назад

Представляем PrimerDesigner Pro: Универсальный веб-инструмент нашей лаборатории для дизайна и проверки праймеров

 

🔥 Главные фичи PrimerDesigner Pro:

  • 🤖 Автоматическая загрузка из NCBI. Больше не нужно искать границы экзонов вручную. Просто введите Accession ID (например, NM_212832.2), и программа сама скачает матрицу мРНК и точно разметит координаты всех стыков экзонов (Exon-exon junctions).

  • 🔬 Строгие стандарты RT-qPCR «из коробки». В приложение уже вшиты оптимальные пресеты для ПЦР в реальном времени: строгие ограничения на разницу Tm, контроль GC-clamp, жесткие фильтры на образование 3'-димеров и обязательное перекрытие стыка экзонов.

  • 🎯 Визуальный BLAST и поиск генов-мишеней. Мы переработали интерфейс выравнивания NCBI. Теперь мисматчи ярко подсвечиваются красным цветом (вы сразу увидите опасные несовпадения на 3'-конце!). Кроме того, алгоритм сам проанализирует пересечения и выдаст список конкретных генов-мишеней (ампликонов), на которые садятся ваши праймеры.

  • 💻 Встроенная виртуальная ПЦР (In-Silico PCR). Забудьте о стороннем софте для проверки термодинамики. Мощный встроенный калькулятор рассчитает риски образования шпилек и гетеродимеров, а модуль виртуальной ПЦР покажет точные места посадки на матрице с учетом допустимых мисматчей.

  • 📊 Интерактивная карта и выгрузка для заказа. Наглядная векторная карта матрицы с цветовой разметкой экзонов и направленными стрелками праймеров. Подобранные пары можно в один клик скачать в виде готового TSV-файла для отправки на синтез.

💡 Как начать пользоваться?

Приложение работает прямо в браузере, ничего устанавливать не нужно.

👉 [Ссылка на PrimerDesigner Pro] https://primersforscience.streamlit.app/

Мы создавали этот инструмент, чтобы сделать нашу общую лабораторную рутину проще и эффективнее. Обязательно попробуйте прогнать через него ваши следующие праймеры!

Если у вас есть идеи по доработке, предложения или вы столкнулись с багом - обращайтесь! (VK ID)

Удачных амплификаций!